微生物學檢驗實驗室軟件建設主要包括：工作人員的配置、工作管理制度的建設、微生物學檢驗項目的安排。

人員配置

工作人員配置是實驗室建設的重要組成部分，一般微生物學檢驗實驗室通常有檢驗工作人員和管理人員，有條件的實驗室還可配備專職清潔人員。

檢驗工作人員

檢驗工作人員是從事食品的微生物檢驗和理化檢驗工作，并對食品原材料和食品包裝材料進行檢驗微生物學項目實驗室通常配備3～5個人左右，且要求擁有相關學歷并取得職業資格職稱的從業者。另外，由于從事食品生產工作，還要求有健康證證明等有效證明資料。從業人員還應該具有良好的衛生習慣和職業道德，工作認真負責。

管理人員

管理人員職責是負責管理整個實驗室的工作。主要從事監督和安排其他人員的工作并處理其他重要事件，但也是最終責任人。因此，管理人員必須有經驗有能力和能靈活處理各有關事務，負責管理整個組織系統的各方面工作。

工作管理制度的制定

每個企業都有自己的規章制度，對于食品生產工廠除要遵守國家的有關法律法規外，還要根據具體情況來制定嚴格的規章制度。微生物學檢驗實驗室的制度直接影響食品微生物學檢驗的結果，是關系到廣大消費者的身體健康問題，所以必須遵守國家的有關標準并結合工廠實際情況制定相關制度，做到各項規章制度健全、規范，使工廠工作達到程序化、規范化、科學化。

微生物學檢驗實驗室制度的建設主要包括實驗室管理制度和實驗室技術操作要求。

實驗室制度建設

食品工廠微生物學檢驗實驗室制度主要包括：實驗室管理制度：儀器配備和管理制度；藥品管理和使用制度：玻璃器皿管理和使用制度；安全制度；環境條件要求等。

實驗室技術操作要求

食品工廠微生物學檢驗實驗室技術操作主要要求：無菌操作要求：無菌間使用要求；消毒滅菌要求：有毒有菌污染物處理要求；菌種保管要求；培養基制備要求：樣品采集及處理要求：樣品檢驗、記錄和報告要求等。

具體的工作管理制度在此不作詳細討論，企業可根據具體情況結合實際需要作適當調整使用。

微生物學檢驗項目

微生物廣泛分布于自然界中，其中絕大多數的微生物是有益的，但對于食品而言由于微生物的污染，所造成糧食和食品的霉變、腐敗，以致引起食物中毒和傳染疾病等，此時對人類是有害的，直接關系到廣大人民的人身安全。食品的微生物檢驗項目主要有：菌落總數的測定、大腸菌群的測定和致病菌的測定等。

菌落總數的測定

菌落總數指食品樣品經過處理，在一定條件下培養后(如培養基成分、培養溫度、和時間、pH 值、需氧性質等)，所得lmL(g)樣品中所含菌落總數，是用來判定食品被細菌污染的程度及衛生質量，反映食品在生產過程中是否符合衛生要求，以便對被檢樣品做出適當的衛生學評價。菌落總數測定可參考GB 4789.2-2016 食品安全國家標準 食品微生物學檢驗 菌落總數測定 。

大腸菌群的測定

大腸菌群指一群能發酵乳糖、產酸產氣、需氧和兼性厭氧的革蘭氏陰性無芽孢桿菌，主要包括：大腸埃希氏菌、檸檬酸桿菌、產氣克雷白化菌、陰溝腸桿菌等。該菌群主要來源于人畜糞便，故以此作為糞便污染指標來評價食品的衛生質量推斷食品中大腸菌群及腸道致病菌污染，發現潛伏的食物中毒可能。大腸菌群測定可參考 GB 4789.3-2016 食品安全國家標準 食品微生物學檢驗 大腸菌群計數 。

致病菌的測定

致病菌的測定對實驗室及檢驗人員的條件要求較高，一般食品廠主要以送檢的形式來測定，由專門的有權威性機構進行檢測。對于致病菌的測定在此不作詳細論述。